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L'amidation C-terminale remplace le groupe carboxyle (–COOH) de la fin de chaîne par un amide (–CONH₂). Beaucoup d'hormones peptidiques naturelles sont amidées.
L'amidation supprime la charge négative de l'extrémité C-terminale. Elle peut améliorer la liaison au récepteur et protéger contre certaines enzymes. L'amyline, la calcitonine ou la GHRH naturelle sont amidées.
Pour un peptide de synthèse, la forme amidée et la forme acide ont presque la même masse (environ 1 Da d'écart). Le COA doit préciser laquelle est fournie, car elles n'ont pas toujours la même activité.
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