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La pureté HPLC est la part de l'aire du pic principal dans l'aire totale des pics détectés sur le chromatogramme. Une pureté de 99 % signifie que le pic du peptide représente 99 % du signal UV mesuré.
La pureté HPLC est relative : elle ne tient compte que de ce que le détecteur voit. L'eau, les sels (TFA, acétate) et certaines impuretés qui n'absorbent pas en UV n'apparaissent pas. Un peptide pur à 99 % en HPLC peut donc ne contenir que 75 à 85 % de peptide en masse.
C'est pour cela qu'il faut distinguer la pureté HPLC de la teneur peptidique (net peptide content).
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