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La plupart des peptides de synthèse sont livrés sous forme de sel de trifluoroacétate (TFA), un résidu de leur synthèse et de leur purification. Le TFA est lié aux fonctions basiques du peptide.
Le TFA sert à détacher le peptide de la résine en fin de synthèse et à acidifier les phases mobiles en HPLC de purification. Il reste fixé aux acides aminés basiques (lysine, arginine, histidine) et à l'extrémité N-terminale.
Un peptide riche en lysines et arginines peut contenir 10 à 30 % de sa masse en TFA.
À forte concentration, le TFA peut être toxique pour certaines cellules en culture et fausser des essais sensibles. Pour ces usages, on peut demander une forme acétate ou chlorhydrate, obtenue par échange de sel.
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