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La séquence peptidique est l'ordre des acides aminés dans la chaîne, écrit de l'extrémité N-terminale (amine libre) vers l'extrémité C-terminale (carboxyle libre).
On l'écrit en code à trois lettres (Thr-Lys-Pro-Arg) ou à une lettre (TKPR). Par convention, la gauche correspond à l'extrémité N-terminale. Une seule substitution peut changer fortement l'activité : remplacer un acide aminé en position 2 suffit, par exemple, à protéger un peptide de l'enzyme DPP-4.
La séquence détermine la masse théorique du peptide. C'est elle que l'on compare à la masse mesurée en spectrométrie de masse pour confirmer l'identité d'un lot.
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