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La spectrométrie de masse mesure la masse des molécules après les avoir ionisées. Pour un peptide, elle confirme que la masse observée correspond à la masse théorique de la séquence attendue.
Deux techniques d'ionisation dominent pour les peptides : l'électronébulisation (ESI), souvent couplée à une HPLC, qui produit des ions multichargés ; et le MALDI, qui produit surtout des ions monochargés et convient bien aux contrôles rapides.
Sur un spectre ESI, un peptide de 4 800 Da apparaît sous forme de plusieurs pics (charges +3, +4, +5…). Le logiciel les recombine pour retrouver la masse.
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